Tantangan yang dihadapi auditor IT saat ini berkisar pada perubahan dalam teknologi, lingkungan bisnis, risiko bisnis, lingkungan legislatif dan peraturan, serta pengetahuan dan keterampilan yang diperlukan untuk mengaudit secara efektif dalm lingkungan yang berkembang dengan sangat pesat.
Peran auditor IT harus berubah untuk segera beradaptasi dan mengimbangi persyaratan atau perkembangan baru dan risiko bisnis yang terkait. Para auditor IT harus memahami bisnis dan risiko bisnis untuk mengaudit bisnis dan aplikasi pendukungnya secara efektif. Persyaratan pengetahuan harus diperluas, begitu juga dengan keterampilan yang diperlukan untuk dapat melakukan tugasnya di lingkungan baru. Perusahaan-perusahaan pun mendorong atau mengizinkan karyawan untuk menggunakan teknologi mereka sendiri untuk tujuan bisnis. Ponsel pintar, tablet, netbook, dan teknologi lainnya, semua menemukan jalan mereka ke lingkungan perkantoran. Namun, karena mereka dimiliki secara pribadi, organisasi memiliki sedikit pengontrolan konten atau penggunaannya.